สำนักวิชาแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง จัดการเรียนการสอนนักศึกษาแพทย์ในชั้นคลินิก (ชั้นปี 4 - 6) ณ โรงพยาบาลที่เป็นสถาบันร่วมผลิตแพทย์ร่วมกับทางสำนักวิชาแพทยศาสตร์อีก 3 โรงพยาบาล โดยได้มีการจัดตั้ง "ศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิก" ในโรงพยาบาลต่าง ๆ ที่ร่วมผลิตแพทย์ในสังกัด สำนักการแพทย์ กรุงเทพมหานคร และกระทรวงสาธารณสุข เพื่อเป็นหน่วยงานในการจัดการเรียนการสอน และเป็นเครือข่ายความร่วมมือทางวิชาการและการบริการร่วมกับทางสำนักวิชาแพทยศาสตร์ โดยมีจุดมุ่งหมายที่จะเน้นมาตรฐานคุณภาพของบัณฑิตแพทย์จากทุกสถาบันชั้นคลินิกภายใต้การประสาทปริญญาบัตรของมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงให้มีคุณภาพเดียวกัน โดยมีดังนี้